براساس شواهد و بررسی‌های تاریخی و باستان‌شناسی و آنچه از کتیبه‌ها و نوشته‌ها و آثار یافته‌شده در منطقه به دست آمده، محوطه باستانی مرودشت از گذشته بسیار دور از اهمیت و اعتبار خاصی برخوردار بوده است.
می‌دانیم که صفه تخت جمشید در دامنه کوه رحمت ساخته شده است. می‌توان گفت این کوه که به نام میترا یا مهر نیز نامیده می‌شود برای اقوام پیش از آریایی و همچنین آریایی‌ها قداست داشته که به نوعی تمامی‌سازه‌های تخت جمشید را در پناه خود دارد.
داریوش در کتیبه خود در دیواره جنوبی صفه صراحتا بیان می‌کند که تا پیش از این، هیچ بنا یا معبد یا نیایشگاه و ساختمانی در این محل وجود نداشته است. پس بی‌تردید زمین این مکان اهمیت داشته است.
محوطه تخت جمشید از نقش رستم که مکانی متبرک و مرکز استقرار قوم پاسارگاد بوده و از سوی کوروش به عنوان پایتخت انتخاب شده و آرامگاهش نیز در همان جا واقع است، فاصله بسیار کمی دارد.
باید در نظر داشت که این مکان در مرکز ایالت پارس واقع شده است و به سهولت با نواحی مهم پادشاهی مانند شوش و انشان -که محل پادشاهی و حکومتی پدران
کوروش کبیر بوده- و بابل، مراکز شرقی امپراتوری، پایتخت، مرکز اصلی مادها و هگمتانه در ارتباط بوده است.
معادن بزرگ سنگ که بقایای آنها در اطراف تخت جمشید و
نقش رستمهنوز به چشم می‌خورد، رودهای مهمی‌مانند کر و پلوار که امکان دسترسی به آب را برای انجام کارهای ساختمانی فراهم می‌کرده‌اند و زمین حاصلخیز منطقه... همه و همه می‌تواند دلیلی برای انتخاب این مکان برای ساخت بنای منحصربه‌فرد تخت جمشید باشد.
محققان و پژوهشگران با توجه به نقوش و نوع معماری و مطالعات انجام شده، هر یک کاربرد خاصی را برای تخت جمشید تعریف کرده‌اند: برخی این بنای شگفت‌انگیز را مقر و استراحتگاهی موقت، برخی محل برگزاری آیین نوروزی و جشن‌های بهاری، گروهی رصدخانه‌ای جهت انجام مطالعات نجومی، برخی محل گردهمایی و شورا و پارلمان و برخی نیایشگاهی بزرگ جهت برگزاری انجام مراسم مذهبی می‌دانند.
رصدخانه نبوده استآنچه که باید مورد توجه قرارداد این است که این بنا هر چه بوده به طور حتم محل رصد ستارگان، رصدخانه و محل انجام مطالعات نجومی‌نبوده است. هخامنشیان در این دوره محاسبات نجومی‌خود را براساس محاسبات ریاضی انجام می‌دادند و نیازی به رصد چشمی‌یا اندازه‌گیری سایه‌ها و تابش خورشید -آن‌گونه که قبل از آنان در میان اقوام بومی فلات ایران و بابلیان و آشوریان مرسوم بوده- نداشتند. از سویی دیگر معماری تخت جمشید با هیچ‌کدام از تعاریف موجود در مورد بناهای مورد استفاده برای رصد آسمان منطبق نیست.
برای رصد آسمان نیاز به ساختمان یا برج رصدی با ارتفاع زیاد است و اگر چنین برجی وجود نداشته باشد، باید بنای رصد در محوطه‌ای کاملا باز که افق دید باز و گسترده دارد، ساخته شود. با یک بررسی ساده میدانی در تخت جمشید متوجه این مطلب می‌شویم که نه در محوطه تخت جمشید و نه بر فراز کوه رحمت هیچ برج رصدی وجود ندارد و از سویی یک سمت تخت جمشید تکیه بر کوهی بلند دارد که مانع از دید مستقیم در آن سمت می‌شود.
ساعت آفتابی نبوده استتعیین زمان دقیق نوروز بر اساس تابش نور خورشید و استفاده از ساعت آفتابی در تخت جمشید نیز از جمله مواردی است که برای دلایل ساخت این بنا مطرح می‌شود. برخی معتقدند وجود بعضی علائم روی سنگ‌ها و خصوصا سنگی که در کاخ سه دروازه وجود دارد، نشان‌دهنده نوعی ساعت آفتابی برای تعیین دقیق زمان نوروز در اول فروردین برابر با 21 مارس است.
این نظریه درست بود اگر زمان دقیق نوروز در زمان هخامنشیان با زمان وقوع نوروز در زمان حال برابر می‌بود؛ در‌حالی‌که این‌طور نیست. در زمان هخامنشیان تنها یک بار در زمان کمبوجیه سال نو با 21 مارس یا اول فروردین برابر می‌شود و دردیگر موارد، آغاز سال نو از اواخر اسفند تا اوایل اردیبهشت متغیر بوده است.
از سوی دیگر تالاری که این سنگ موسوم به ساعت آفتابی در آن قرار دارد، در زمان هخامنشیان از همه سو با دیوار مسدود بوده و نور خورشید نمی‌توانسته به داخل بتابد، و نیز همانطور که قبلا هم متذکر شدیم تخت جمشید بر دامنه کوه رحمت قرار دارد و کوه مانع از رسیدن نور خورشید هنگام طلوع به این بنا می‌شود و نور خورشید در واقع هنگامی‌که روز کاملا اتفاق افتاده است به کل بنای تخت جمشید و خصوصا بنای سه دروازه می‌تابد.
همچنین باید توجه داشت که محور زمین و جهت تابش خورشید در 2500 سال قبل با امروز بسیار متفاوت بوده است. کارشناسان نجوم و ستاره‌شناسی کاملا به این مساله واقفند که به دلیل چرخش محور زمین در طی 2500 سال، تنها با محاسبات دقیق ریاضی و ستاره‌شناسی می‌توانیم جهت تابش خورشید را براساس محور زمین در زمان هخامنشیان تعیین کنیم.
همچنین امروزه می‌دانیم که علائم و نشانه‌های موجود روی این سنگ نه علائم نجومی و نشانگر چهار جهت اصلی؛ بلکه نشانه‌های معماری و امضای معمار و سنگ تراش آن است که در دیگر پایه ستون‌ها نیز دیده می‌شود. در واقع سنگ مزبور پایه زیرین ستونی است که امروزه دیگر وجود ندارد. هرچند می‌توان گفت که برخی آیین‌های ویژه از جمله جشن‌های بهاری در این محل برگزار می‌شده؛ اما تنها محل برگزاری نوروز نبوده است.
پایتخت نبوده استدر مورد اینکه تخت جمشید یکی از پایتخت‌های اصلی و محل استقرار خانواده سلطنتی بوده نیز جای شک و تردید است. صفه تخت جمشید در دشتی باز و بدون هیچ گونه امکانات دفاعی مخصوص یک ارگ یا قلعه واقع شده است. تمامی‌صفه و ساختمان‌های آن از سه جهت از فاصله دور قابل رویت هستند.
با وجود نامگذاری کاخ‌ها و آنچه برخی به آن معتقدند، تالارها و بناهای صفه تخت جمشید را نمی‌توانیم مقر استقرار پادشاهان و خانواده سلطنتی بدانیم. این بنا فاقد امکانات زندگی به عنوان پایتخت برای خاندان سلطنتی است. شاید در زمان برگزاری جشن‌های بهاری و در مدت زمانی کوتاه شاه و خانواده و همراهانش در این محل اقامت داشتند؛ اما استقرار موقت در این مکان با استفاده از آن به عنوان پایتخت یک امپراتوری بزرگ تفاوت بسیار دارد.
نیایشگاه بزرگ؟براساس سنگ‌نگاره‌ها و نقوش دیوارها و پلکان‌ها، بعضی محققان بر این باورند که تخت جمشید یک نیایشگاه بزرگ برای انجام آیین‌های مذهبی است. می‌دانیم که آیین مهرپرستی بسیار پیش از مذهب زرتشت در فلات ایران رواج داشته و از میان پادشاهان هخامنشی نیز اردشیر دوم احترام بسیار برای این ایزد قائل بوده.
شاید بتوان نقش برجسته مهم حمله شیر به گاو در تخت جمشید را نوعی نشانه آیین مهرپرستی دانست؛ اما در این تصویر باید به حالت حمله شیر به گاو و نشانه‌های موجود بر بدن گاو توجه کرد. گاو نشان سلطنتی دارد و گاوی عادی نیست.
آیا می‌توان تصور کرد که سنگ نگاران و معماران حیوانی با نشان سلطنتی را به عنوان قربانی مهر نشان داده‌اند. از سوی دیگر نقش نبرد شاه با شیر است که در فاصله کمی‌از این تصویر دیده می‌شود. اگر آیین مهر در این زمان آن‌قدر گسترش داشته که معماران تخت جمشید را تحت تاثیر خود قرار داده است، چرا شاه باید شیری را که نشانه این ایزد است با خنجر به قتل برساند.
از سوی دیگر با مطالعه دقیق و نزدیک می‌توانیم دریابیم که هر یک از تالارها و بناهای تخت جمشید به نوعی با نقوش خاصی که شاید معرف آیین یا اعتقادات یکی از اقوام و ملل تابعه باشد، زینت‌یافته‌اند، آیا این امر نشان‌دهنده این است که هر یک از این تالارها مخصوص برگزاری آیین خاص مذاهب مختلفی است که در سراسر امپراتوری پارسیان بوده است؟ آیا می‌شود تخت جمشید را مرکزی برای تجمع نمایندگان همه ممالک تابعه دانست که در زمانی مشخص برای تبادل نظر و دیدار با شاه به دور یکدیگر گرد می‌آمدند؟
این نمایندگان در مدت اقامت خود در تخت جمشید ضمن آنکه می‌توانستند با آزادی به نیایش خدای خود بپردازند می‌توانستند با عقاید و مناسک مذهبی سایر ملل نیز آشنا شده و به تبادل نظر و بحث و گفت‌وگو بپردازند. شاید بتوان تخت جمشید را یک دایره المعارف بزرگ ساخته شده از سنگ دانست.
هرتازه واردی با نگاه کردن به نقوش و حجاری دیوارها می‌توانسته به راحتی با دیگر ملل تابعه، نوع پوشاک، محصول خاص آن منطقه، اعتقادات مذهبی، فرهنگ، زبان و درجه اهمیت و نزدیکی آنان به حاکمیت امپراتوری آشنا شود. در این گردهمایی، نمایندگان ملل تابعه هر یک هدایایی را به پیشگاه شاه تقدیم می‌کردند.
با وجود برخی اظهارنظرها باید گفت آنچه این نمایندگان با خود حمل می‌کنند، باج و خراج و مالیات سالانه نیست. شاید بتوان گفت منظور از آن نقوش که هر شخصی یک شیء، حیوان، پارچه، نوشیدنی و خوراکی خاصی را با خود حمل می‌کنند و به پادشاه پیشکش می‌کند، این است که ملل تابعه را با آنچه محصول مخصوص سرزمینشان است نشان دهند.
به عنوان مثال نمایندگان لیدیه همواره با بازوبندهای طلا مشخص شده‌اند. نظیر این بازوبندها در گنجینه سیحون که اینک در موزه انگلستان است، یافت شده و گزنفون نیز بازوبند طلا را بهترین و ممتازترین هدیه لیدیه‌ها معرفی کرده است. همچنین نمایندگان آفریقای جنوبی با حیوانی به نام اُکاپی و عاج‌های فیل نشان داده شده‌اند.
به هر حال هنوز هیچ نظر قطعی درباره دلیل ساخت تخت جمشید نمی‌توان ارائه داد.
گاو دروازه ملل دروازه ملل تخت جمشید سه درگاه عظیم رو به سه جانب داشته که نقش دو جفت گاو عظیم الجثه بر درگاه‌های غربی و شرقی حجاری شده است. دو جفت گاو بر درگاه غربی و دو جفت گاو با سر انسان در مدخل شرقی قرار دارد. توصیفات مختلفی درباره تصویر سر انسانی گاو گفته شده که بعضی از آنها بسیار عجیب و دور از ذهن است